選擇合適的提取試劑：根據樣品來源選擇針對性的提取試劑。對于動物組織，使用含有蛋白酶抑制劑的 RIPA 裂解液，可有效抑制蛋白酶活性，防止蛋白質降解；植物樣品則可選用含 β- 巰基乙醇的提取緩沖液，能打破植物細胞的二硫鍵，使蛋白質充分釋放。若提取膜蛋白，需使用專門的膜蛋白提取試劑盒，其中的非離子型去垢劑可溫和溶解膜蛋白，保持其天然構象 。

優化提取方法：采用機械破碎與化學裂解相結合的方式，提高蛋白質提取效率。如對細菌樣品，先使用超聲波破碎儀進行物理破碎，再加入裂解液進行化學裂解，確保細胞破碎，蛋白質充分釋放。同時，在提取過程中，盡量保持低溫環境（0 - 4℃），減少蛋白質降解。

嚴格控制變性條件：樣品與上樣緩沖液混合后，變性溫度和時間需精準把控。一般在 95 - 100℃下加熱 3 - 10 分鐘，對于含有大量二硫鍵的蛋白質，可適當延長加熱時間至 10 分鐘，確保二硫鍵充分斷裂，使蛋白質伸展為線性分子。加熱完成后，立即將樣品置于冰浴中快速冷卻，防止蛋白質重新聚集。

優化上樣緩沖液配方：根據實驗需求，可對 SDS-PAGE 上樣緩沖液進行優化。若需增強蛋白質的還原效果，可適當增加 β- 巰基乙醇或二硫蘇糖醇（DTT）的用量；對于一些對 pH 敏感的蛋白質，可調整緩沖液中 Tris-HCl 的濃度，維持合適的 pH 環境，保證蛋白質充分變性且不發生沉淀。

確定最佳上樣量：通過預實驗摸索最佳上樣量。將樣品進行梯度稀釋，分別取不同體積上樣電泳，觀察條帶清晰度和分離效果，選擇條帶清晰、無拖尾和重疊的上樣量作為最佳值。一般來說，每孔總蛋白上樣量控制在 10 - 20μg，對于純化的蛋白質樣品，5 - 10μg 即可滿足分析需求。

保證上樣準確性：使用校準后的微量移液器進行上樣操作，吸取樣品時緩慢吸液，確保吸頭內無氣泡。上樣時，將移液器吸頭垂直插入加樣孔底部，緩慢推出樣品，避免樣品溢出至相鄰泳道，保證各泳道上樣量一致，減少實驗誤差。

離心處理：樣品提取后，通過高速離心（12000 - 15000 rpm，離心 10 - 15 分鐘）去除細胞碎片、不溶性雜質等。離心后的上清液即為蛋白質樣品，可用于后續實驗。若樣品中仍存在微小顆粒，可進一步使用 0.22μm 或 0.45μm 的濾膜進行過濾。

脫鹽處理：當樣品中鹽濃度過高時，會影響蛋白質在凝膠中的遷移。可采用透析、超濾或脫鹽柱等方法進行脫鹽處理，降低鹽濃度，使蛋白質遷移更順暢，提高電泳分辨率。